Dépôt et Entrepôts : fiche synthétique

Publié le 27/11/2017 | Mis à jour le 17/08/2018

Objectifs

Après avoir consulté cette ressource, vous devriez être capable de :

  • Citer 2 types d’entrepôt;
  • Citer 2 façons de trouver un entrepôt de données de recherche ;
  • Citer 3 critères à vérifier avant de déposer des données de recherche.

Le dépôt des données de recherche répond à une logique de partage et nécessite une gestion rigoureuse des données pour que celles-ci soient accessibles et réutilisables dans le temps.

Où déposer ses données ?

Dans un entrepôt de données. Un entrepôt permet de stocker des données de recherche, d’y accéder et de les réutiliser. Il existe des milliers d’entrepôts répartis en plusieurs types : disciplinaires, multidisciplinaires, propres à un éditeur, institutionnels, spécifiques d’un projet de recherche…
Alors, comment trouver le bon entrepôt ?

Suivez les recommandations

Un entrepôt vous est-il recommandé par l’une des parties prenantes de votre projet (votre financeur, éditeur, institution, etc.) ?

Exemple

En génomique, la communauté scientifique utilise notamment Unitprot ou GenBank comme base de référence.

Filtrez par critères

Si aucun entrepôt ne vous est recommandé, il vous faut en trouver un adapté à vos besoins. Vous pouvez utiliser des annuaires d’entrepôts et/ou rechercher des entrepôts certifiés.

Exemple

Il existe des annuaires qui peuvent vous aider à filtrer votre recherche d’entrepôt : re3dataOADOpenDOAR, etc. Si vous cherchez un entrepôt certifié, consultez le site CoreTrustSeal.

Le saviez-vous ?

Le Plan national pour la science ouverte invite les chercheurs à déposer les données dans des entrepôts de données certifiés.

Comment déposer ses données ?

Vérifiez vos données

En effet, une préparation préalable de vos données est nécessaire pour pouvoir les déposer dans de bonnes conditions.

Exemple

Vous avez choisi une licence de diffusion de vos données, anonymisé les données à caractère personnel, etc.

Remplissez le formulaire

Quand tout est prêt, connectez-vous sur le site de l’entrepôt, remplissez le formulaire de dépôt et exportez vos fichiers.

  • Suivez les recommandations d’entrepôt

    Vos travaux de recherche rentrent-ils dans le cadre d’un projet national ou international ?

    Exemple : la politique de données du programme de recherche international MERMeX stipule que les données collectées seront recueillies dans MISTRALS database pour améliorer, faciliter et sécuriser leur disponibilité.

    Comment votre institution s’organise-t-elle en ce qui concerne le dépôt des données ?

    Exemple : l’Institut Laue-Langevin a mis en place une politique de partage des données et dispose d’un portail dans lequel les chercheurs de l’institut peuvent déposer leurs données.

    Existe-t-il des pratiques spécifiques à votre domaine scientifique ?

    Exemple: en génomique, les bases de données comme UniprotGenBank sont aujourd’hui des bases de référence.

    Votre éditeur a-t-il une politique concernant le partage des données ?

    Exemple: l’éditeur PLOS ONE oblige les auteurs d’un article à rendre accessibles toutes les données sous-jacentes aux résultats rapportés dans l’article soumis.

    Votre financeur vous donne-t-il des recommandations ?

    Exemple : la Commission Européenne donne des lignes directrices aux chercheurs bénéficiant de financement dans le cadre d’Horizon 2020. Les bénéficiaires doivent déposer les données nécessaires à la validation des résultats présentés dans les publications et les autres données citées dans le plan de gestion des données. Le choix de l’entrepôt reste du ressort du déposant (l’annuaire re3data est recommandé et l’entrepôt Zenodo est également cité).

    Filtrez par critères

    En vous posant les bonnes questions

    • Quels types de données sont acceptés par l’entrepôt ?
    • Quels formats sont acceptés ?
    • Pourrez-vous modifier les données déposées et accéder aux anciennes versions ?
    • L’entrepôt vous permet-il de restreindre l’accès à vos données ? De mettre un embargo ?
    • Propose-t-il un lien entre les données et les publications associées ?
    • Attribue-t-il un identifiant pérenne aux données ?
    • Impose-t-il une licence ? Vous convient-elle ?
    • Quel type d’entrepôt privilégieriez-vous ? Disciplinaire ? Multidisciplinaire ? Certifié ?
    • Souhaitez-vous que l’entrepôt s’engage à préserver l’accès aux données sur le long terme ?
    • Souhaitez-vous que l’hébergement du serveur de l’entrepôt soit localisé en France ?
    • Y a-t-il un coût pour le dépôt ?
    • Le site est-il simple d’utilisation ? Y a-t-il des aides proposées ?
    • Y a-t-il des statistiques d’utilisation, de consultation, de téléchargement ?

    Les réponses à ces questions peuvent être trouvées sur les pages de politique des entrepôts ou être filtrées dans des annuaires d’entrepôt.

    Vérifiez vos données avant de les déposer

    √ Les principes éthiques sont respectés

    √ Les fichiers sont organisés et nommés de façon explicite

    √ Les modalités d’accès sont définies

    √ Une licence est attribuée aux données

    √ Le volume des fichiers ne dépasse pas la taille maximale

    √ Les droits de diffusion sont vérifiés

    √ Les fichiers sont dans des formats pérennes et ouverts

    √ Les jeux de données à partager sont sélectionnés

    √ Les données sont décrites et documentées

    √ Un identifiant pérenne et unique est attribué

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